یک دانش آموز دبیرستانی منزوی، کار پاره وقتی برای یک عمر بعنوان یک نینجای مدرن و به منظور آدمکشی بین المللی دریافت میکند. بعد از جنگ جهانی دوم، قرارگاه متحدین در ژاپن، آژانس جدیدی برای رسیدگی به تروریست ها و خشونت در ناحیه ای صلح آمیز تاسیس کرد. آژانس، کارکنان نینجا استخدام کرد و آنان در ابتدا مشغول رسیدگی به امور داخلی بودند. در نهایت آن برنامه به شکل کنونی اش رسید، با مدیریت 20.000 نینجا در حوزه ی امور داخلی و بین المللی. یکی از آن نینجا ها کودو ست. بازنده ی دبیرستانی 17 ساله که حالا تصویب شده در خط بعدی دفاعی در مقابل جریان احتمالی حمله ی آدم کشان خارجی به توکیو باشد.