شهید محققی بعد از دوران نقاهت جانبازی، از سال ۱۳۶۷ تا سال ۱۳۶۹ بهعنوان فرمانده تیپ در خط پدافندی پاسگاه زید فعالیت کرد بعد از جنگ تحمیلی یعنی در سال ۱۳۷۰ نیز بهعنوان مسئول ستاد لشکر ۲۷ محمدرسولالله (ص) منصوب شد و بعد از آن در جایگاههای «مسئول اطلاعات نیروی زمینی سپاه»، «مسئول اطلاعات قرارگاه ثارالله (ع)» و «جانشین سازمان اطلاعات سپاه» به مجاهدت پرداخت تا اینکه سرانجام مزد مجاهدتهای خود خصوصاً هزار و ۷۶۴ روز حضور در جبههها را گرفت و در حملات رژیمصهیونیستی به شهادت رسید.