نیترات سدیم نیز مانند هر ماده شیمیایی دیگر دارای خطراتی است. از جمله این خطرات می توان به واکنش آلرژیک مانند کهیر، بثورات پوستی، تورم صورت، زبان، گلو یا مشکل در تنفس در زمان مصرف این ماده اشاره کرد. مصرف بیش از حد مواد حاوی نیترات سدیم منجر به تولید نیتروزامین ها می گردد که ماده ای سرطان زا است.