عصر یخبندان در حال پایان یافتن است. سه قهرمان قسمت پیشین (سید، مانی و دیه گو) که متوجه خطر زیر آب رفتن منطقه زیست خود و در نتیجه نابودی حیوانات شده اند، تصمیم می گیرند تا قبل از آب شدن یخ ها خود را به منطقه ای امن برسانند. آنها در طول راه با الی (یک ماموت ماده) و دو همراه وی کرش و ادی برخورد می کنند و …