مشهد واقع در دره بین دو کوه و کشف رود (از شرق به شهر قوچان واز کوههای هزار مسجد و بینالود سرچشمه میگیرد) واقع شده است.واقع شدن بین دو کوه کانالهای آبی و قناتهای بسیاری را برای این شهر فراهم نموده است. این شهر در شکل تقریبا دایره ای قرار دارد و ساختمان های مذهبی و بناهای تاریخی آن در مرکز قرار دارند و مسیرهایی به بیرون از حدود 12 محله، مانند مالیک آباد، ساجده، شهرک آزادی، کوی امام رضا و شیش آباد است. مشهد از دیگر شهرهای ایران که در آن یک حرم واقع شده است متفاوت است