وقایع فیلم «زیر سایه» در دهه ۱۹۸۰ در اوج دوران جنگ ایران و عراق در تهران رخ میدهد. فیلم، ماجرای مادر جوانی به نام شیده (با بازی نرگس رشیدی) و دختر خردسال او، درسا، (آوین منشادی) است که در غیاب پدر خانواده که پزشک جبهه جنگ است، خانهشان مورد اصابت موشکی قرار میگیرد که عمل نمیکند و منفجر نمیشود.
درسا پس از این واقعه دچار مشکلات شدید روحی میشود و شیده، پس از مشورت با همسایهها به این نتیجه میرسد که این موشک عمل نکرده در واقع طلسم نفرین شدهای است که ارواح بدنهاد یا «جن»هایی که با باد سفر میکنند آن را به همراه آوردهاند تا روح «درسا» را تسخیر کند.