داستان این مینی سریال در مورد تهاجم مخفی گونه‌ای از موجودات فضایی به نام اسکرال‌هاست که توانایی تغییر شکل دارند. زمانی که نیک فیوری می‌فهمد اسکرال‌ها به مقام‌های حساس دولتی نفوذ کرده اند تصمیم می‌گیرد با کمک مورد اعتماد ترین دوستان خود از جمله ماریا هیل این توطئه را خنثی کند. پستی و بلندی های این مسیر و رو شدن برخی از تاریک ترین رازهای دنیای ابرقهرمانی مارول باعث شده است تا تهاجم مخفی جزو بهترین مینی سریال های اکشن مارول باشد.