داستان این فیلم در مورد موجودی به نام آلیتا میباشد که از دوران ناامیدی سر بر آورده است. داستان فیلم در قرن ۲۶ و سیصد سال بعد از یک فروپاشی اجتماعی بزرگ اتفاق میافتد که توسط یک سرگرد جنگی شروع شده است. در دورهای که پیشرفت تکنولوژی بسیار بالا است ، آلیتا توسط دکتری مرموز به نام دکتر ایدو که در حال جمع آوری قطعات یک سایبورگ است ، پیدا میشود...