داستان سریال بچه مهندس در سه فاز کودکی، نوجوانی و جوانی شخصیت اصلی داستان روایت می شود. قصه این سریال از اواخر جنگ شروع می شود و در سه مقطع زمانی مختلف داستان روایت می شود. شروع این قصه از سال 1364 و در دوران جنگ است که در فازهای بعدی و دوران حال به پایان می رسد ...