در ماه ژوئن 2007 اختلافات فتح و حماس به اوج رسید و گروه مقاومت در اعتراض به عدم همکاری فتح، نوار غزه را در کنترل خود گرفت. شهید هنیه در طول سالهای بعدی همواره در بین کادر نخست حماس قرار داشت تا اینکه در سال 2014 به عنوان رئیس حماس درون نوار غزه برگزیده شد و تا سال 2017 در این سمت باقی ماند. در ماه مه 2017 شهید هنیه بار دیگر ارتقای مقام یافت به عنوان رئیس دفتر سیاسی حماس برگزیده شد که بالاترین مقام این گروه مقاومت فلسطینی محسوب می شود. هنیه تا زمان شهادت در این مقام بود. از یازده فرزند شهید هنیه، حازم، امیر و محمد در فروردین ماه امسال در حمله رژیم صهیونیستی به نوار غزه به شهادت رسیدند. آخرین سفر شهید هنیه به تهران و برای شرکت در مراسم تحلیف مسعود پزشکیان، رئیس جمهور جدید اسلامی ایران بود.