عملیات در ساعت 21:30 روز 3/12/1362 با رمز یا رسول الله آغاز شد. در مرحله اول نیروهای قرارگاه نجف با تهاجم سراسری در مناطقی همچون تنگه و شهر القرنه، جاده بصره – العماره و نیز جزایر شمالی و جنوبی مجنون استقرار یافتند. در این میان، قرارگاه کربلا که در محور زید وارد عمل شده بود، با به دست آوردن کمترین موفقیت موجب بازگشت یگان های ارتش به مواضع قبلی خود شد. - در مرحله دوم عملیات، دو تلاش اصلی در محور جزایر مجنون و طلاییه به منظور الحاق و سپس پیشروی به سمت نشوه در نظر گرفته شد؛ بنا به عللی پیشروی انجام نشد. در مقابل، دشمن به تدریج خود را بازیافته و پس از کشف اهداف عملیات و محورهای اصلی تک، تلاش اصلی خود را ابتدا روی پاکسازی حوالی جاده بصره – العماره گذارد و سپس روی طلاییه متمرکز شد.
در ادامه عملیات، پس از آن که محور زید با عدم موفقیت مواجه شد، لشکر 14 سپاه پاسداران که تحت امر قرارگاه کربلا (ارتش) بود، آزاد شده و به همراه لشکر 27 ماموریت طلاییه را به عهده گرفت. در آن شب نبردی سخت درگرفت که تا صبح به طول انجامید . در این میان، فشار دشمن همچنان ادامه داشت و با آن که محور جاده طلاییه – به طول 6 کیلومتر– در اختیار نیروهای خودی بود، لیکن وسعت کم منطقه مانور از یک سو و آتش انبوه و بسیار زیاد دشمن از سوی دیگر، امکان پیشروی الحاق با محور جزایر مجنون را ناممکن ساخته بود. به همین خاطر از ادامه عملیات در طلاییه صرف نظر شد و به این ترتیب اهداف عملیات خیبر به حفظ جزایر مجنون محدود شد.
بر همین اساس و با توجه به فشارهای دشمن، مرحله سوم عملیات به منظور تثبیت موفقیت خودی در جزایر انجام شد. دشمن که هر گونه حضور نیروهای ایرانی در هور را خطری برای جاده بصره – العماره می دانست با اجرای آتش شدید و توان پیاده وزرهی می کوشید جزایر مجنون را بازپس گیرد. این در حالی بود که نیروهای خودی خسته از چند روز جنگ، نداشتن عقبه نزدیک و نیز عدم حمایت آتش توپخانه، به مقاومت خود ادامه می دادند. متقابلاً، دشمن با تمرکز صدها قبضه توپ روی جزایر و بمباران مداوم آن ها با هواپیما و نیز در اختیار داشتن عقبه خشکی با واحدهای زرهی خود فشارهای متعدد و طاقت فرسایی را وارد می ساخت.
نهایتاً دشمن که در مقابل خود مقاومتی غیر قابل تصور و پیش بینی مشاهده می کرد، به تدریج از باز پس گیری جزایر ناامید شد و به تحکیم مواضع پدافندی خود مبادرت ورزید.