در ۶ سپتامبر ۲۰۰۳، در میانه انتفاضه خروشان مسجدالاقصی، اسرائیل با خالی‌کردن بمب ربع تنی در محل استقرار شیخ احمد یاسین قصد ترور وی را داشت که اما شیخ مقاومت جان سالم بدر برد و مجروح شد.

و سرانجام سحرگاه ۲۲ مارس ۲۰۰۴ شیخ مقاومت درحالی‌که روی ویلچرش پس از نماز صبح از مسجد جامع اسلامی محله صبرا غزه خارج می‌شد، توسط ۳ موشک هلیکوپتر آپاچی صهیونیست‌ها ترور و همراه با ۷ تن دیگر به آرزوی شهادتش دست‌یافت. شارون قاتل صبرا و شتیلا شخصاً بر عملیات ترور شیخ نظارت داشت. تشییع‌جنازه پیکر قطعه‌قطعه شیخ یاسین در نوار غزه به‌عنوان یکی از تاریخی‌ترین و بزرگ‌ترین مراسم‌های این باریکه ماندگار شد. صهیونیست‌ها گمان می‌کردند با حذف او مقاومت در فلسطین متوقف می‌شود؛ اما جنبشی که شیخ یاسین پایه‌گذاری کرده بود، با رفتنش متوقف نشد و تنها یک سال بعد شاگردانش انتقام خون شیخ را با آزادی نوار غزه گرفتند. دفتر خاطرات زندگی شیخ احمد یاسین بر روی گنبد طلایی زیبایی مسجدالاقصی هک شده است تا آن فرابرسد و با آزادی قدس شریف، مزد فداکاران و شهدای مسیرش پرداخته شود. شاید بتوان شهید شیخ احمد یاسین را در یک کلیدواژه خلاصه کرد و آن باور به "مقاومت" دانست. او می‌گفت: "العدو الإسرائیلی لا یترک للشعب الفلسطینی خیارات سوی خیار واحد، هو المقاومة والجهاد والاستشهاد". (دشمن اسرائیلی جز یک گزینه که مقاومت، جهاد و شهادت است، هیچ گزینه ای برای ملت فلسطین باقی نمی گذارد.)

رهبر انقلاب در پیامشان پس از شهادت شیخ مقاومت فرمودند: «شهادت بی‌گمان آرزوی همیشگی این شیخ مجاهد پارسا بود و کشته‌شدن در راه خدا در کام بندگان مخلص او شیرین است... آنچه از شیخ احمد یاسین و ملت فلسطین با این جنایت ستاندند جسمی نحیف و علیل بود. فکر او را و خطی را که او ترسیم کرد و راهی را که او گشود نخواهند توانست از ملت فلسطین بگیرند. روح شیخ زنده است.» ۱۳۸۳/۰۱/۰۳