شهید آیت الله سید ابراهیم رئیسی در حوزة علمیة قم، اصول فقه را نزد آیت الله مروی، لمعتین را نزد آیت‌الله فاضل هرندی، رسائل را نزد آیت‌الله موسوی تهرانی، مکاسب محرمه را نزد آیت الله دوزدوزانی، کتاب البیع مکاسب را نزد آیت‌الله خزعلی، خیارات مکاسب را نزد آیت الله ستوده وآیت‌الله طاهری خرم‌آبادی و کفایه را نزد آیت‌الله سید علی محقق داماد، تفسیر قرآن کریم را نزد آیت الله مشکینی و آیت الله خزعلی، شرح منظومه و فلسفه را نزد آیت‌الله احمد بهشتی و دوره شناخت را نزد آیت الله مطهری و نهج البلاغه را نزد آیت الله نوری همدانی آموخت.

آیت الله سید ابراهیم رئیسی، خارج اصول را نزد آیت ‌الله سید محمدحسن مرعشی شوشتری و آیت‌ الله هاشمی شاهرودی و خارج فقه را نزد آیت ‌الله آقا مجتبی تهرانی و آیت الله خامنه‌ای رهبر معظم انفلاب تلمذ نمود. او پیش از پایان دوره سطح توانست به دوره کارشناسی ارشد رشته حقوق خصوصی راه یافته و پس از دفاع از پایان نامه خویش در سال ۱۳۸۰ با قبولی در کنکور دکترای مدرسه عالی شهید مطهری در رشته فقه و حقوق خصوصی ادامه تحصیل دهد.

ایشان با تکمیل تحقیقات خود در رشته فقه و حقوق، موفق به اخذ مدرک عالی ترین سطح حوزه (سطح چهار) شد و در نهایت رساله دکترای خود را با عنوان «تعارض اصل و ظاهر در فقه و حقوق» دفاع کرد. و با اخذ نمره ممتاز به درجه دکترای فقه و حقوق در مدرسه عالی شهید مطهری نائل شد.

علاوه بر مسؤولیت های کلان کشوری ، بنا به توصیه مکرر آیت الله مهدوی کنی و آیت الله حاج آقا مجتبی تهرانی مبنی بر حفظ ارتباط درسی خود با طلاب، از سال ۸۰ تاکنون به عنوان مدرس در مدارس علمیه تهران از جمله مدرسه مجد، مدرسه امیرالمومنین علیه السلام، مدرسه امام حسین علیه السلام و و مدرسه مروی به تدریس سطوح عالی حوزه همچون رسائل و مکاسب، کفایتین و قواعد فقهیه مشغول بود و بعد از عزیمت به مشهد مقدس از ابتدای سال ۱۳۹۵ در مدرسه عالی نواب، به تدریس در موضوع «فقه وقف» پرداخت.

آیت الله دکتر رئیسی در مقاطع کارشناسی ارشد و دکتری دانشگاه امام صادق (علیه السلام) و مدرسه عالی شهید مطهری و دانشگاه آزاد اسلامی به تدریس دروس تخصصی فقه قضا ، فقه اقتصاد، اصول فقه و قانون مدنی پرداخته‌ است.