با توجه به تغئیر استراتژی نبرد در سالهای پایانی دهه نود میلادی و اهمیت یافتن نبردهای هوایی و همچنین افزایش حجم تهدیدات علیه نظام مقدس ج .ا.ا و در اولویت قرارگرفتن پدافند هوائی برابر تدابیر فرماندهی معظم کل قوا طی فرمانی قرارگاه پدافند هوائی با ماموریت دفاع از هوا و فضای کشور در مقابل هر گونه تهدید هوایی و با بهره گیری از تمامی ظرفیت پدافند هوائی نیرو های مسلح کشور در پنجم شهریور ماه 1387تقویت گردید بعدها این روز به عنوان روز پدافندهوایی شناخته شد.البته باید دانست که پیش از این براساس تدابیر واوامر فرماندهی کل قوا مقام معظم رهبری در سال 1371 قرارگاه پدافندهوایی خاتم الانبیاء(ص) مسئولیت هماهنگی فعالیتهای پدافندهوایی ارتش وسپاه(به طورکلی امر پدافندهوایی در نیروهای مسلح) را عهده دار شده بود. قرارگاه پدافندهوایی خاتم الانبیاء(ص) که در ساختار سازمانی قبلی هدایت وکنترل عملیاتی یگانهای پدافندهوایی نیروهای مسلح را بعهده داشت ،در ساختار تشکیلاتی جدید با تحویل گرفتن کامل یگانهای پدافندهوایی نیروی هوایی واعمال فرماندهی کامل بر یگانهای مذکور ،با در اختیار گرفتن فرماندهی اطلاعات وشناسایی ،شبکه راداری ،موشکی و توپخانه ای و دیده بانی وسامانه های پشتیبانی رزمی و عمومی یگانهای مذکور ،از طریق سامانه فرماندهی وکنترل پدافندهوایی(ADOC[7]-SOC[8]-CRC[9]-CP[10] )مسئولیت کنترل عملیات هوایی کشور را بعهده داشته وکلیه جنگ افزارها و یگانهای پدافندهوایی ارتش وسپاه نیز کمافی سابق تحت فرامین عملیاتی قرارگاه پدافندهوایی پدافندهوایی عمل خواهند نمود. [11] البته تفکر اولیه تفکیک پدافند هوایی از آفند هوایی پیش از این و در سالهای دهه 60 ،در سطح شورای عالی دفاع و در حضور رهبر معظم انقلاب (که در آن زمان مسئولیت رئیس جمهوری را عهدار بودند)مطرح شده بود اما به دلیل هزینه بالای تفکیک برای مملکت در آن مقطع از طرح فوق چشم پوشی شد. مطابق اظهارات یکی از فرماندهان و پیشکسوتان پدافندهوایی ، در همان سالها شهید بابایی و شهید ستاری نیز به این نتیجه رسیده بودند که کشور نیاز به یک نیروی پدافند هوایی مستقل دارد و حتی شهید ستاری موافقت مقام معظم رهبری جهت استقلال پدافند هوایی را کسب کرده بود