وی از سال ۱۳۹۲ دچار ضایعهٔ مغز شده بود که با پیشرفت این بیماری در صبح ۲۹ تیرماه ۱۳۹۴ مجبور به عمل جراحی سختی شد. حال بهنام صفوی بعد از عمل در ایران بسیار بهتر شده بود و حتی آلبوم جدید خودش به نام معجزه را هم منتشر کرد و کنسرت‌ها و اجراهای زیادی را نیز برگزار نمود. همچنین چندین تک‌آهنگ را هم بعد از عمل خود منتشر کرد، اما در سال ۱۳۹۶ دوباره بیماری وی تشدید شد و این‌بار برای درمان به آلمان سفر کرد و توسط مجید سمیعی در بیمارستان INI در هانوفر، آلمان، تحت عمل جراحی دوباره قرار گرفت و بعد از عمل جراحی خود در آلمان به ایران بازگشت.وی در تاریخ ۲۳ اردیبهشت ۱۳۹۸ و پس از تحمل شش سال بیماری در بیمارستان میلاد اصفهان درگذشت.