تحصیلات و اساتید/ پدر بزرگوار وی (میر اسماعیل) از علما و عارفان بزرگ در عصر خویش به شمار می‌رفت که سیدعبدالله از همان کودکی تحت تربیت این ولیّ الهی قرار می‌گیرد. اندکی بعد وی را نزد حضرت آیت‌الله مصطفوی‌تبریزی (عارف کبیر و از شاگردان حضرت آیت‌الله سیدعلی قاضی) برای تربیت و علم‌آموزی می‌فرستند که نزدیک به ۳۰ سال تحت تربیت ظاهری و باطنی این مرد عظیم قرار داشت. / وی در همین زمان، تحصیلات حوزوی خویش را هم دنبال می‌کرد. پس از آیت‌الله مصطفوی از محضر اساتیدی همچون حضرت علامه محمدحسین طباطبایی، حضرت آیت‌الله الهی تبریزی (برادر علامه طباطبایی)، حضرت آیت‌الله محمدتقی آملی، حضرت آیت‌الله سیدرضا بهاءالدینی، حضرت آیت‌الله بهجت و دیگر بزرگان را درک کرد تا جایی که از اصحاب سرّ ایشان می‌شود. از طرفی می‌توان گفت که وی با یک واسطه، از شاگردان حضرت آیت‌الله قاضی است؛ چرا که تقریباً تمام اساتید وی از شاگردان سرّ حضرت آیت‌الله قاضی بودند.
فعالیت‌های علمی
استاد فاطمی‌نیا از کارشناسان علوم اسلامی بود که به تحقیق و پژوهش در این زمینه نیز اشتغال داشت از دیگر فعالیت‌های او می‌توان به تدریس در حوزه‌های علمیه، حضور در برنامه‌های مذهبی صدا و سیما به عنوان کارشناس و سخنرانی در مراکز حوزوی و دانشگاهی اشاره کرد.

وی در مورد علم رجال و عرفان نظری دارای آگاهی گسترده بود و در عین حال بیشتر به خطابه در منابر عمومی اشتغال داشت و با این کار خود را مکتوم کرد تا جایی که بسیاری او را به عنوان یک خطیب توانا و استاد برجسته سخن می‌شناسند و از زوایای علمی او بی‌خبر هستند. استاد از مفسران معروف و زبردست صحیفه سجادیه و نهج‌البلاغه به‌شمار می‌رفت و در جلسات متعددی در این موارد به سخنرانی پرداخته است.

تألیفات
شرح و تفسیر زیارت جامعه کبیره، پیاده شده سخنرانی‌های ایشان در این زمینه است.

دوره سه جلدی «کتاب نکته‌ها از گفته‌ها» (گزیده‌ای از سخنرانی‌های استاد فاطمی‌نیا، گردآورنده و ناشر: بخش فرهنگی مسجد و حسینیه الزهرا مشهد)