شهید آیت الله رئیسی در سال ۱۳۸۵، از طرف جامعه مدرسین حوزه علمیه قم و جامعة روحانیت مبارز و به توصیة نخبگان استان خراسان جنوبی برای عضویت در چهارمین دوره مجلس خبرگان رهبری نامزد شد که با کسب اکثریت آرا مردم انتخاب شد. دو سال پس از حضور در این مجلس، خبرگان ملت ایشان را به عنوان عضو هیأت رئیسه برگزید و عضویت ایشان در این جایگاه ،‌تا اتمام دور چهارم، با رأی نمایندگان محترم مجلس خبرگان تمدید شد.

آیت الله رئیسی در دوره پنجم مجلس خبرگان رهبری در اسفند ۱۳۹۴ نیز با کسب اکثریت قاطع آرا برای دومین بار به عنوان نمایندة مردم شریف خراسان جنوبی برگزیده شد و در اسفند ۱۳۹۷، در جریان برگزاری ششمین اجلاسیه دوره پنجم مجلس خبرگان رهبری، آیت الله رئیسی به عنوان نایب ‌رئیس اول مجلس خبرگان رهبری انتخاب شد و تا امروز نیز همچنان نائب رئیس اول مجلس خبرگان رهبری می باشند.

در انتخابات ششمین دوره مجلس خبرگان رهبری در اسفند ۱۴۰۲، آیت‌الله رئیسی با کسب ۸۲.۵۷ درصد آرای مردم برای سومین بار به مجلس خبرگان راه یافت.