قرآن کریم خود را معجزه‌ای معرفی کرده‌ است که همه جن و انس از آوردن مثل آن عاجز هستند. امام‌ خمینی قرآن را بزرگ‌ترین معجزه پیامبر اسلام (ص) می‌داند. در عصر نزول قرآن، مردم شبه‌جزیره عربستان بسیاری بدوی و عقب‌افتاده بودند؛ درحالی‌که در قرآن، حقایق و معارفی وجود دارد که در جهان آن روز نبوده است برای مثال مسائل عمیق عرفانی‌ای در آن مطرح‌ شده است که در یونان و آثار فلاسفه آن سابقه نداشته‌ است. حتی فلاسفه اسلامی در مهد قرآن کریم رشد کرده و از آن استفاده نموده‌اند، آیاتی از قرآن کریم را که به‌ صراحت، زنده بودن همه موجودات جهان را بیان کرده، تاویل کرده‌اند، در عین‌ حال این مسئله در عرفان به‌ خوبی تبیین شده، اعتقاد امام‌ خمینی مسائل عرفان به آن صورت که در قرآن کریم هست، در کتاب‌های دیگر نیست. ایشان در بیان وجه اعجاز قرآن، راه خاصی ارائه می‌کند که نسبت ‌به دیگر متکلمان و مفسران از شمول بیشتری برخوردار است. ایشان در عین‌ حال که اعجاز بلاغی، حسن ترکیب و غایت فصاحت قرآن را قبول دارد، بر این باور است که جهت برتر اعجاز قرآن، در معارف بلند و دقایق توحیدی آن است که عقول اهل معرفت در آن حیران می‌ماند.
به اعتقاد امام‌ خمینی رضوان الله علیه تحول معنوی و عرفانی که با قرآن در جهان ایجاد شده‌ است، از همه مسائل دیگر برتر و بالاتر است و معتقد است از موارد اعجاز قرآن که دربرگیرنده معارف حقایق الهی است، این است که آورنده قرآن کریم، انسانی مکتب نرفته بود، در محیطی رشد یافته است که هیچ سخنی از این معارف بلند عرفانی و فلسفی نبوده است، به باور ایشان جامعیت قرآن نیز که شامل همه حقایق و لطایف است از معجزات قرآن شمرده می‌شود؛ زیرا قرآن روشنگر و تبیان هر چیزی است و شامل همه دستورها و احکامی است که بشر برای سعادت و کمال خود به آنها نیاز دارد.