داستان در هینوموتو، ادو و در دوره‌ای طوفانی می‌گذره که بعدها به نام باکوماتسو شناخته شد؛ دورانی که کشور در آستانهٔ تغییرات بزرگی قرار داره.
در این دنیا، Battle Spirits از قدیم فقط به سامورایی‌ها و جنگجویان اجازه می‌داد وارد میدان مقدس نبرد شوند. در نبردی به نام «Eternal»، باختن فقط به معنی شکست نبود؛ بازنده باید جانش را نیز فدا می‌کرد. اما با ظهور کارت‌های جدید و سبک مبارزهٔ تازه‌ای به نام «Standard»، بتل اسپیریتس میان مردم عادی هم در حال گسترش است.
کو باشین (Kuu Bashin) پسری جوانه که شیفتهٔ Battle Spirits شده و همیشه به دنبال قوی‌تر شدن است. در سوی دیگر، زِتسو آجَرا (Zetsu Ajara) یک سامورایی مرموز و شمشیرزن افسانه‌ایه که به‌عنوان «آدمکش» شناخته می‌شه و قولی مهم را در دلش نگه داشته.
وقتی مسیر این دو نفر به هم می‌رسه، سرنوشتشان و حتی مسیر تاریخ شروع به تغییر می‌کنه. داستان در واقع تقابل و پیوند دو نسل و دو سبک مبارزه است: کو، بتلرِ Standard و زِتسو، بتلرِ Eternal.