چهار تن از امامان معصوم شیعه، در قبرستان بقیع دفن شده‌اند که بر همین اساس، ائمه بقیع خوانده می‌شوند؛ از جمله: امام حسن بن علی بن ابی‌طالب(ع) (۳-۵۰ق)، مشهور به امام مجتبی(ع) دومین امام شیعه و فرزند امام علی(ع) و حضرت فاطمه(س) است که در ۳۷ سالگی به امامت و خلافت رسید و در سال ۴۱ق . دوره حکومت وی شش ماه و سه روز بود. پس از صلح، به مدینه رفت و ده سال در آنجا بود تا اینکه به شهادت رسید و در قبرستان بقیع به خاک سپرده شد.
امام علی بن حسین بن علی بن ابی‌طالب علیهم السلام (۳۸- ۹۴ق)، مشهور به امام سجاد(ع) و زین‌العابدین، چهارمین امام شیعیان است. مدت امامت وی ۳۴ سال بوده است. وی در واقعه کربلا حاضر بود و همراه اسیران کربلا به کوفه و شام برده شد. بنابر روایات شیعه، امام سجاد(ع) به دستور ولید بن عبدالملک با سم به شهادت رسید. وی در قبرستان بقیع کنار قبر عمویش امام حسن مجتبی دفن شد.
امام محمد بن علی بن حسین بن علی بن ابی‌طالب (۵۷-۱۱۴ق)، مشهور به امام باقر(ع)، امام پنجم شیعیان که حدود ۱۹ سال امامت شیعیان را بر عهده داشت و در سال ۱۱۴ قمری به دستور هشام بن عبدالملک مسموم و شهید شد او در قبرستان بقیع، کنار مرقد پدرش امام سجاد(ع) و عموی پدرش حسن بن علی(ع) دفن گردید.
امام جعفر بن محمد بن علی بن حسین (۸۳-۱۴۸ق)، مشهور به امام صادق(ع)، امام ششم شیعیان، که ۳۴ سال امامت کرد. امام صادق(ع)در ۶۵یا ۶۶ سالگی شهید و در کنار پدر بزرگوارشان، امام باقر(ع)و دو امام دیگر در قبرستان بقیع دفن شد
مزار حضرت ام البنین نیز در گوشه ای دیگر مشخص است