شهید عراقی به محض آزادی از زندان با گروه هایی که نسبت به خط اصیل اسلامی امام(س) وفادار بودند، رابطه برقرار کرد و تجارب خویش را در اختیارشان گذاشت، اما دوری از مراد چیزی نبود که او تحملش را داشته باشد. با عزیمت امام(س) به پاریس، او نیز راهی نوفل لوشاتو شد و آنجا هم مدیریت منزل امام(س) را به دست گرفت. روز 12 بهمن سال ۱۳۵۷، شهید عراقی همراه با مرادش به ایران بازگشت. زودتر از همه از هواپیما پیاده شد تا کارها را دوباره سامان دهد. در این برهه امام(س) برای این مبارز باسابقه مسئولیت های سنگینی در نظر گرفته بودند. او به فرمان امام(س) رئیس زندان قصر شد، به عضویت شورای مرکزی بنیاد مستضعفان درآمد و همراه با حاج حسین مهدیان، سرپرستی روزنامه کیهان را برعهده گرفت که به جولانگاه توده ای ها، ساواکی ها و سلطنت طلبان تبدیل شده بود. او در تمام این مسئولیت ها بسیار دقیق عمل می کرد و هنوز چندماهی از حضور او در این عرصه ها نگذشته بود که همه به توانایی های فراوان او در مدیریت و سامان دادن به امور پی بردند و طبیعتا دشمنان کینه اش را به دل گرفتند. صبح روز یکشنبه 4 شهریور سال 1358، سه موتورسوار عضو گروهک تروریستی فرقان، او و پسرش حسام را به رگبار بستند و به شهادت رساندند.