در سال ۲۰۲۹، شهر نیهاما به کلان‌شهری بسیار پیشرفته از نظر فناوری تبدیل شده است. با توجه به پیشرفت‌های چشمگیر در حوزه سایبرنتیک، شهروندان این شهر قادرند اندام‌های خود را با قطعات رباتیک جایگزین کنند. اکنون جهان بیش از هر زمان دیگری به یکدیگر پیوسته است و «بخش ۹ امنیت عمومی» این شهر، مسئولیت مبارزه با فساد، تروریسم و دیگر تهدیدهای خطرناک ناشی از این چرخش به سمت جهانی‌شدن را بر عهده دارد.
سرگرد موتوکو کوساناگیِ مصمم و بااراده از بخش ۹، رهبری پرونده‌ای مربوط به یک هکر مرموز معروف به «عروسک‌گردان» (Puppet Master) را بر عهده می‌گیرد؛ هکری که ردی از قربانیانی به جا می‌گذارد که خاطراتشان از آن‌ها سلب شده است. مانند بسیاری از افراد در این دنیای آینده‌نگرانه، بدن عروسک‌گردان نیز تقریباً به‌طور کامل رباتیک است و همین امر، قدرت خارق‌العاده‌ای به او می‌بخشد.
در حالی که موتوکو و زیردستانش ردپای این مجرم مرموز را دنبال می‌کنند، گروه‌های دیگر — از جمله بخش ۶ — نیز وارد ماجرا می‌شوند و او را ناگزیر می‌سازند تا با ماهیت بسیار پیچیده این پرونده روبه‌رو شود. موتوکو که درگیر تأمل درباره پرسش‌های فلسفی گوناگون، از جمله معنای زندگی خویش است، به‌زودی درمی‌یابد کسی که پاسخ این پرسش‌ها را ارائه خواهد داد، هیچ‌کس جز خودِ «عروسک‌گردان» نیست.