برخی خدمات شهید خدمت - گام بعدی و اساسی رئیسی، تجمیع و ساماندهی امکانات موجود در آستان قدس بود. ساختار تشکیلاتی آستان متشکل از قائم‌مقام به‌عنوان عالی‌ترین مقام اجرایی، سازمان اقتصادی و چند معاونت ستادی بود و مؤسسات فرهنگی، آموزشی و درمانی با هیأت‌مدیره اداره می‌شدند. رئیسی، سازمان فرهنگی را برای تجمیع تصمیم‌گیری و یکپارچگی مجموعه‌های فرهنگی چون انتشارات به‌نشر، چاپخانه عظیم آستان، مؤسسه تربیت‌بدنی، مؤسسه جوانان، مؤسسه آفرینش‌های هنری و... تشکیل داد. برای ساماندهی‌ای به مراکز علمی چون دانشگاه امام‌رضا علیه‌السلام، علوم اسلامی رضوی، بنیاد پژوهش‌ها و نیز مراکز درمانی چون بیمارستان رضوی و دارالشفا و معاونت علمی را تأسیس کرد. حوزه رسانه هم تنها روزنامه قدس و پایگاه اطلاع‌رسانی آستان را در اختیار داشت و رئیسی با تأسیس مرکز ارتباطات و رسانه، ضمن تقویت جایگاه روابط‌عمومی، شبکه تلویزیونی، مؤسسه کار در حوزه چند رسانه و مجازی و حوزه ارتباطات مردمی را به چرخه محصولات رسانه‌ای افزود.