مختار ثقفی توانسته بود، جبهه اوّل نفاق امویان را به شکستی ذلّت آمیز بکشاند ولی رقیب دوم و جبهه دوم نفاق، یاران عبدالله بن زبیر بودند که اکنون خود را آماده نبرد با مختار می کردند. عبدالله بن زبیر، زاهد نمایی که از عوامل اصلی به راه انداخن جنگ جمل علیه امیرمؤمنان(ع) بود. او کسی است که قصد از بین بردن تمامی اهل بیت پیامبر(علیهم السلام) را داشت. او در پناه کعبه جای گرفت و در لباس دین، به فکر گرفتن دنیا بود. عبدالله بن زبیر برادرش مصعب بن زبیر را به بصره، که آن زمان جایگاه برخی جنایت کاران فراری و قاتلان امام حسین(علیه السلام)و یاران او؛ مانند محمدبن اشعث و شبث بن ربعی شده بود، روانه کرد. مختار باز هم کوشید زبیریان را به اتحاد در مقابل کافرکیشان اموی فرا خواند ولی زبیریان ابتدا این وعده را پذیرفتند ولی در نقشه خائنانه ای، لشکریان مختار را کشتند و سپس به کوفه حمله کردند. مختار لشکری را به مقابله آنان فرستاد ولی آنها شکست خوردند و توسط مصعب بن زبیر به طرز فجیعی کشته شدند. به زخمی ها و فراری ها نیز امان داده نشد.
باقی ماندگان به داخل شهر گریختند و در کاخ استانداری پناه گرفتند. دشمن چهار ماه کاخ استانداری را محاصره کرد و آب و نان را بر روی آنان بست.
برخی از مردم کوفه نیز با دشمن همداستان شدند، هر روز مختار و گروهی از یارانش بیرون آمده، با دشمن می جنگیدند ولی از بام ها هم برخی از مردم آنها را مورد هجوم قرار می دادند.