در همان سال‌های تحصیل در دانشکده با حضور در مرزهای غربی کشور در استان ایلام اتفاق افتاد. او نام جهادیِ «حسین قمی» را برای خود برگزید. مرتضی حسین‌پور پاییز سال 1392 برای اولین بار عازم سوریه شد. اولین جبهه حضور او منطقه «سیده زینب» در ریف جنوبی دمشق بود. سال 1393 با هجوم نیروهای داعش به عراق مرتضی حسین‌پور، جزو اولین نیروهایی بود که همراه سردار قاسم سلیمانی خود را به بغداد رساند تا با تشکیل کمربند امنیتی در بیرون از شهر مانع پیشروی نیروهای تکفیری شوند. شهید حسین‌پور که از فرماندهان این عملیات بود، در جریان آن مجروح شد. او به دستور حاج قاسم سلیمانی برای طی دوره درمان به تهران منتقل شد. او سپس، مسئولیت پدافند سامرا را بر عهده گرفت. حسین‌پور از فرماندهان محور در عملیات آزادسازی بیجی بود و در جریان آن با جراحتی سخت مواجه شد. او در اکثر عملیات‌های جبهه مقاومت در عراق حضور داشت. وی از فرماندهان محور در عملیات آزادسازی جاده بلد، اسحاقی، سامرا، الدور، علم، تکریت، بیجی و ارتفاعات مکحول در عراق بود.

سال 1394 دوباره به سوریه رفت و در عملیات آزادسازی حلب و مناطق اطراف آن مشارکت کرد. مرتضی حسین پور دی 1395 و پس از محمد جنتی فرمانده عملیات قرارگاه حیدریون را برعهده گرفت وی پیش از آن فرمانده اطلاعات این قرارگاه بود. بعد از استقرار نیروهای جبهه مقاومت در منطقه مرزی در مجاورت استان‌های الانبار عراق و دیرالزور و سوریه، نیروهای داعش، با پشتیبانی اطلاعاتی نیروهای آمریکایی، روز دوشنبه 16 مرداد 1396 با اطلاع از اینکه توان عملیاتی یکی از پایگاه‌های جبهه مقاومت در حال بازسازی است، حمله سنگینی را به مقر اصلی کتائب سیدالشهدا و دو مقر تاکتیکی شروع کردند. تصمیمات فرمانده عملیات حیدریون موجب دفع حمله داعش و حفظ پایگاه‌ها شد. اصابت ترکش نارنجک به پهلوی مرتضی حسین‌پور حین فرماندهی نیروها، موجب زخمی شدنش شد. او پس از عقب‌نشینی نیروهای داعشی به بیمارستان صحرایی، منتقل، اما به دلیل خون‌ریزی شدید و ورود خون به ریه‌اش، به شهادت رسید.