گنجینه مخطوطات آستان قدس رضوی یکی از مهمترین مراکز نگهداری این منابع خطی است. گفته می‌شود که در این بخش از کتابخانه تعداد 22 هزار نسخه خطی قرآن کریم نگهداری می‌شود؛ از این رو گنجینه قرآن و نفایس موزه مرکزی آستان قدس نخستین و غنی‌ترین موزه قرآن جهان به شمار می‌آید. اما اهمیت این مرکز تنها به نگهداری تعداد نسخه‌های قرآنی نیست، بلکه به قدمت قرآن‌هایی است که از دوره‌ ائمه اطهار(ع) در این مرکز نگهداری می‌شود. - این نسخ قرآنی از سوی ارادتمندان به آستان قدس رضوی وقف یا اهدا شده که 100 نسخه آن مربوط به قرن اول تا سوم قمری بر روی پوست آهو کتابت شده و منسوب به دستخط مبارک هشت تن از ائمه اطهار(ع) است. قرآن‌های منسوب به دستخط امام علی(ع)، امام حسن(ع)، امام حسین (ع)، امام سجاد(ع)، امام صادق(ع)، امام رضا(ع) و همچنین چهار نسخه دیگر از جزوات قرآنی منسوب به دیگر ائمه اطهار(ع) از شاخص‌ترین قرآن‌های این گنجینه است. عموم این قرآن‌ها در دوره صفویه به آستان قدس رضوی اهدا و یا وقف شده که در پشت برخی از این قرآن‌ها وقف نامه آنها به خط شیخ بهایی ذکر شده است.