دعای افتتاح با حمد و ستایش الهی شروع می‌شود و سپس به انتخاب راه صحیح و تأیید الهی، رحمت و غضب حکیمانه الهی، لزوم خوف و رجاء، توفیق عبادت منتّی الهی بر بنده، گناه بنده و دوام فیض الهی، یادآوری نعمت‌های خدا، بقای نعمت‌ها به دست خدا و لزوم تفکر در نعمت‌های خدا می‌پردازد.
حمد الهی در دعای افتتاح جایگاه ویژه ای دارد و افزون بر این که با حمد خدا شروع شده (اللهم انی افتتح الثناء بحمدک) هجده مرتبه عبارت (الحمد لله...) تکرار شده است و به دنبال آن به پاره‌ای از صفات الهی و لطف و رحمت بی کرانش در حق بندگان اشاره شده است.
در فرازهای دیگر به حکمت تأخیر در استجابت دعا، تکبّر و بی‌توجهّی انسان نسبت به خدا، ارزش انس و مناجات با خدا و به درهای همیشه گشوده رحمت الهی اشاره می‌کند و می‌گوید: خداوند هیچ گاه بنده‌اش را از خود طرد نمی‌کند و درِ رحمت خود بر او نمی‌بندد و او را نومید نمی‌سازد.
در خواست از خداوند بر نثار کردن درود و ثناء بر پیامبر و خاندان معصوم او و به ویژه بر امام مهدی(ع) و در خواست ظهور او و تشکیل حکومت عدل الهی در زمین با نصرت و یاری خداوند.
فرازهای پایانی دعای افتتاح که بر آن بسیار تأکید شده درباره اظهار علاقه نسبت به دولت اسلامی است که در پرتو ظهور امام زمان(ع) برقرار خواهد شد. در ضمن جملات این فقره از دعا، هدف حکومت اسلامی و وظیفه ما نسبت به آن نیز بیان شده است. و به ضرورت پند گرفتن از امّت‌های گذشته، و اینکه پیامبر(ص) و ائمه با ارزش‌ترین نعمت‌ها هستند تأکید شده است.