این لشکر در طول دفاع مقدس در ۲۴ عملیات بزرگ و ده‌ها عملیات کوچک نقش‌آفرینی کرد: والفجر ۱ در فروردین۱۳۶۲ و والفجر ۳ در مرداد ۱۳۶۲ برای آزادسازی مهران و ارتفاعات مشرف بر آن، عملیات والفجر ۴ در مهر ۱۳۶۲ و کربلای ۱۰ در فروردین و اردیبهشت ۱۳۶۶ و نصر ۴ در تیر و خرداد ۱۳۶۶ برای بیرون‌راندن دشمن از اطراف مریوان و سردشت و تصرف ارتفاعات پنجوین، عملیات خیبر در اسفند ۱۳۶۲ و عملیات بدر در اسفند ۱۳۶۳ برای عبور از باتلاق‌های هور‌العظیم و کمک به تصرف جزایر مجنون و هجوم به عمق دشمن در اطراف رودخانه دجله و انهدام آنها، عملیات والفجر ۸ در اسفند ۱۳۶۴ برای عبور از رودخانه اروند، شکستن خط دشمن و تصرف جاده فاو به خلیج فارس، عملیات کربلای ۵ در دی و بهمن ۱۳۶۵ برای تصرف نهر جاسم و احداث خاکریز در آنجا و اتصال آن به غرب کانال ماهی]، عملیات والفجر ۱۰ در اسفند ۱۳۶۶ برای تصرف قله خورنوازان از ارتفاعات سورن و انهدام گروه‌های عراقی در تپه شیرمر و به اسارت‌گرفتن تعدادی نیرو و عملیات مرصاد در مرداد ۱۳۶۷ برای آزادسازی اسلام‌آباد از تصرف منافقین و پاک‌سازی جاده اسلام‌آباد ـ کرند

لشکر ۴۱ ثارالله شامل گردان‌های امام حسین، گردان ۴۱۰ غواصی، گردان ۴۱۵ کربلا، گردان ۴۱۶، گردان ۴۱۵ کهنوج، گردان ۴۰۹ زابل و سیستان و گردان ۴۰۵ مالک اشتر شهر بابک بود که عمده فرماندهان آن‌ها در عملیات‌های کربلای ۴ و خصوصاً کربلای ۵ به شهادت رسیدند.
بعد از پایان جنگ تحمیلی، به دنبال بازگشت یگان‌های رزم به استان‌های خود، لشکر ۴۱ ثارالله نیز در کرمان استقرار یافت، ولی مدتی بعد با شکل‌گیری ناامنی‌های جنوب شرق کشور در استان‌های کرمان و سیستان و بلوچستان و جنوب خراسان به فرماندهی قاسم سلیمانی مأموریت پاک‌سازی آن مناطق را بر عهده گرفت.این مأموریت هشت سال به درازا کشید.
لشکر ۴۱ ثارالله در سال ۱۳۸۶ در پی شکل‌گیری سپاه‌های استانی، به سپاه ثارالله استان کرمان، تغییر نام یافت.
کتاب «اطلس لشکر ۴۱ ثارالله در هشت سال دفاع مقدس» درباره کارنامه عملیاتی لشکر ۴۱ ثارالله است که عباس میرزایی نوشته و در سال 1395 از سوی مرکز اسناد و تحقیقات دفاع مقدس منتشر شده است.
اسامی شهدای لشکر ۴۱ ثارالله که عمده آن از کرمان می‌باشند، در باغ موزه دفاع مقدس کرمان بر روی سنگ حجاری شده است.