برای آنکه ابعاد داستان تلخ تراریخته‌ها روشن شود، ما پنج پرسش را مطرح کرده‌ایم:
1. سؤال اول این است که آیا برای بررسی مسئله تراریخته و به صورت کلی تکنولوژی‌های زیستی، می‌توان به روش‌های حسی و پوزیتیویستی اعتماد کرد؟
2. سؤال دوم این است که در صورت عدم اعتماد به روش‌های حسی، آیا دسترسی به روش تحقیق جدیدی در این حوزه امکان‌پذیر است؟ آیا ما می‌توانیم روش تحقیق جدیدی برای بررسی تکنولوژی‌های زیستی بدهیم یا نه؟
3. علی المبنای مدل‌های تحقیقاتی موجود، آیا احراز سلامت تراریخته‌ها امکان‌پذیر است و در صورت ادعای امکان، آیا لوازم احراز سلامت تراریخته‌ها مانند نظام ارزیابی ملیِ مستقل در این زمینه در شرایط فعلی موجود است یا خیر؟ فرض می‌کنیم اشکال روش تحقیقی ما وارد نیست، حالا با فرض پذیرش روش تحقیق فعلی به درون داستان می‌رویم؛ آیا تاکنون سلامت تراریخته‌ها احراز شده است یا خیر؟ اگر آقایان بگویند سلامت تراریخته‌ها احراز شده است ما می‌پرسیم پس این همه مخالفت‌های جهانی و بین‌المللی و این جنبش‌های آنتی GMO در دنیا چیست؟ باز یک مقدار در مقابل مرکز بیوتکنولوژی ایران نرمش قهرمانانه بکنیم؛ یک سؤال دیگر این است: بر فرض اینکه قابل احراز باشد، آیا لوازم علمی و اجرایی آن در کشور ما موجود است یا نه؟ من سؤال می‌کنم که آیا در ایران مرکز ملی مستقلِ قابل اعتماد برای ارزیابی تراریخته‌ها وجود دارد یا خیر؟
4. آیا ادعای بیوتکنولوژی مبنی بر بیان خاصیت توسط ژن درست است و یا اینکه ژن، ذیل قواعد بالادستی حامل خاصیت می‌شود؟
5. سؤال آخر هم این است که در صورت عدم پذیرش تجاری‌سازی تراریخته‌ها -به هر دلیلی اگر ما تجاری‌سازی تراریخته‌ها را نپذیریم- آیا فعالیت‌های علمی دوستانی که در حوزه بیوتکنولوژی فعالیت می‌کنند دیگر به هیچ کاری نمی‌آید؟ چون آقایان می‌گویند ما داریم تحقیق می‌کنیم و این تحقیق باید در جایی کارکرد داشته باشد و این کارکرد عبارت است از اینکه تجاری‌سازی تراریخته‌ها اتفاق بیافتد.