یکی از مهم‌ترین اتفاقات دوران ریاست علی کفاشیان در فدراسیون فوتبال، برکناری علی دایی از هدایت تیم ملی بود. ماجرایی که سرمربی سابق ایران معتقد است با دخالت محمود احمدی‌نژاد، رئیس جمهور سابق کشورمان رخ داده است. علی کفاشیان در گفتگو با خبرآنلاین ضمن رد این موضوع گفت: نه آقای احمدی نژاد نمی‌خواست به رختکن برود. خود او خیلی فوتبالی بود و به بازیکنان زیاد می‌رسید. من یادم نمی‌آید که قصد چنین کاری را داشته باشد و انقدر فوتبالی بود که درک این را داشته باشد بین دو نیمه نباید به رختکن برود. ما باختیم و تمام شد و بعد بازی داشت به من و آقای علی‌آبادی دلداری داد که ناراحت نباشید بازی برد و باخت دارد.