آیت‌الله حاج سیدمجتبی خامنه‌ای فرزند دوم رهبر و مرجع شهید آیت‌الله العظمی سیدعلی خامنه‌ای، متولد سال ١٣4٨ در مشهد است. ایشان دروس مقدماتی حوزوی را در مدرسه مبارکه آیت‌الله مجتهدی تهرانی گذراند و در دوران دفاع مقدس در جمع رزمندگان اسلام در جبهه‌های جهاد حاضر شد. بعد از پایان جنگ تحمیلی، در سال 6٨ برای تکمیل دروس حوزوی به قم مشرّف شد و تا اوایل سال ٧١ در قم مستقر بود. سال ٧١ به مدت 5 سال به تهران مراجعت فرمود و تحصیلات حوزوی را در آنجا پی گرفت. سال ٧6 با بانوی شهیده زهرا حداد عادل ازدواج کرد و همان سال جهت تکمیل تحصیلات حوزوی و کسب فیوضات معنوی برای بار دوم به قم هجرت فرمود.