آیت الله سید مجتبی حسینی خامنه‌ای (زاده ۱۳۴۸ش) سومین رهبر نظام جمهوری اسلامی ایران، فرزند شهید آیت‌الله سید علی خامنه‌ای است. او پس از شهادت پدرشان به دست آمریکا و رژیم صهیونیستی در جنگ رمضان در ۱۷ اسفند ۱۴۰۴ش توسط مجلس خبرگان رهبری به رهبری نظام جمهوری اسلامی ایران برگزیده شد. - او دبیرستان را در مدرسه علوی تهران گذارند و علوم حوزوی را نزد پدرش و سید محمود هاشمی شاهرودی فراگرفت. در سال ۱۳۷۸ش برای ادامه تحصیل به قم رفت و در درس استادانی همچون محمدتقی مصباح یزدی، محسن خرازی، لطف‌الله صافی گلپایگانی و نیز درس خصوصی علی عندلیبی شرکت کرد.
وی از سال ۱۳۹۰ تا ۱۴۰۳ش در حوزه علمیه قم به تدریس درس خارج فقه و اصول اشتغال داشت. کلاس درس وی که با حضور حدود ۷۰۰ نفر از طلاب همراه بود، در مهر ۱۴۰۳ش تعطیل شد.
او در دوران جنگ عراق با ایران، در سال ۱۳۶۵ش، در ۱۷ سالگی، به جبهه اعزام شد و به‌عنوان عضو گردان حبیب بن مظاهر لشکر ۲۷ محمد رسول‌الله(ص) در عملیات‌ هایی چون بیت‌المقدس ۲، ۳ و ۴، والفجر ۱۰ و مرصاد شرکت داشت.
در آبان ۱۳۹۸ش، وزارت خزانه‌داری ایالات متحده آمریکا سید مجتبی و هشت نفر از افراد مرتبط با بیت رهبری تحریم کرد.
آیت الله آقا مجتبی در سال ۱۳۷۸ش با شهید دکتر زهرا حداد عادل، دختر غلامعلی حداد عادل، ازدواج کرد. حاصل این ازدواج دو پسر و یک دختر است. همسر آیت الله سید مجتبی، در ۹ اسفند ۱۴۰۴ش در حمله مشترک اسرائیل و آمریکا به بیت رهبری به همراه رهبر شهید آیت الله العظمی امام سید علی خامنه‌ای رضوان الله تعالی علیه و قدس الله نفسه الزکیه و تعدادی از اعضای خانواده به شهادت رسید. آیت الله سید مجتبی نیز در این حمله مجروح و به مقام جانبازی نائل آمد .