محاسبه مالیات به‌طور کامل در سامانه سازمان اعمال نشده و در نتیجه، به‌ویژه برای کارکنانی که دریافتی‌های غیرمستمر (مانند پاداش و کارانه) دارند، بین مالیات محاسبه‌شده توسط سازمان و مالیات واقعی اختلاف ایجاد می‌شود. علت این اختلاف آن است که معافیت درآمدهای غیرمستمر باید بر مبنای سالانه محاسبه شود، اما سازمان فعلاً همان روش درآمدهای مستمر را برای آن اعمال می‌کند.

نرم‌افزار حقوق و دستمزد درسان محاسبات را مطابق قوانین و تغییرات روز انجام می‌دهد. بنابراین، در صورت وجود اختلاف با محاسبات سازمان، کاربران می‌توانند مالیات صحیح پرداخت‌شده را به‌صورت دستی برای کارکنان ثبت کنند. با اصلاح فرمول توسط سازمان امور مالیاتی، در نهایت مالیات محاسبه‌شده در نرم‌افزار و سامانه سازمان با یکدیگر تطبیق خواهد داشت.

نرخ‌های مالیات حقوق در سال ۱۴۰۳:

معافیت سالانه: ۱٫۴۴ میلیارد ریال
مازاد تا ۱٫۹۸ میلیارد ریال: ۱۰٪
مازاد تا ۳٫۲۴ میلیارد ریال: ۱۵٪
مازاد تا ۴٫۸ میلیارد ریال: ۲۰٪
بیش از ۴٫۸ میلیارد ریال: ۳۰٪

این مقررات شامل تمام انواع دریافتی‌های حقوقی و مزدی (مستمر و غیرمستمر) کارکنان دولتی و غیردولتی است و کارفرمایان موظف‌اند اطلاعات حقوق را برای محاسبه مالیات به سامانه سازمان امور مالیاتی ارسال کنند.