داستان انیمه “ناکجاآباد موعود” داستانی متفاوت است که در آینده اتفاق می‌افتد و در پرورشگاهی عجیب و غریب می‌گذرد. جایی که تعداد زیادی بچه بین چهار تا دوازده ساله به سرپرستی زنی که همه او را “مامان” صدا می‌زنند زندگی می‌کنند. در این مکان مرموز، بچه‌ها علاوه بر بازی در جنگل‌‌های اطراف، به یادگیری دروسی که به بالا بردن سطح هوشی آنها کمک می کنند هم می‌پردازند. اما هدف آنها از یادگیری این دروس و پیشرفتی که در این زمینه می‌توانند داشته باشند، امری است که در همان اپیزودهای ابتدایی مشخص شده و بیننده را غافلگیر می‌کند.

قانون عجیب و مشکوک دیگری که در این پرورشگاه حاکم است، ممنوعیت عبور بچه‌ها از محلی است که برای آنها تعیین کرده‌اند؛ هیچکس نمی‌تواند از این محل به دنیای بیرون قدم بگذارد و بدون هماهنگی با سرپرست و دیگر افراد صاحب این مکان، فرد جدیدی به پرورشگاه وارد نمی‌شود. در واقع این مکان پر رمز و راز، جایی است که به دلایل مختلفی تحت کنترل شدید کسانی قرار دارد که قصد سو استفاده از توانایی‌های ذهنی و هوشی بچه‌های بی‌سرپرست را داشته و از این ویژگی‌ها برای کاری غیر قابل تصور و وحشیانه استفاده می‌کنند که به نظر می‌رسد در فصل‌های بعدی بیشتر به آن پرداخته شود.