تشخیص و درمان بیماران با مشکلات مجاری صفراوی می‌تواند بسیار چالش برانگیز باشد. کولدوکوسکوپی حین کولانژیوگرافی می‌تواند برای درمان بیماری نقص پُر کردن (Filling Defect) مجرای صفرا که ممکن است ناشی از وجود سنگ مجاری صفراوی، تنگی مجرا، وجود تومور و یا پولیپ در مجرا باشد مورد استفاده قرار گیرد. همچنین روش کولدوکوسکوپی حین عمل در ارزیابی مجرای صفرا بعد از برداشتن سنگ برای اطمینان از برداشتن کامل سنگ نیز کاربرد دارد.