یکی از خطرات ای آر سی پی ERCP ایجاد پرفوراسیون یا پارگی در مجاری صفراوی و یا اثنی عشر است. این رخداد محتاج مداخله جراحی سریع جهت ترمیم جراحی موضع است. در اغلب مواردی که این سوراخ شدگی کوچک است(Microperforation) کله سیستکتومی و کلانژیوگرافی حین عمل و درناژ مکفی راه حل مناسب است.