هنگامی که تومور GIST معده در موقعیتی چالش برانگیز از نظر آناتومیکی، به خصوص نزدیک به کاردیا یا محل اتصال مری به معده، قرار دارد، رزکسیون گوه‌ای متعارف ممکن است بدون به خطر انداختن لومن معده یا ایجاد تنگی امکان‌پذیر نباشد. در چنین شرایطی، رویکرد ترانس‌گاستریک یک جایگزین مؤثر و حفظ‌کننده معده ارائه می‌دهد. در این مورد، چون محل تومور اجازه رزکسیون گوه‌ای مناسب را نمی‌داد، گاستروتومی برای دسترسی به تومور از داخل معده انجام شد. سپس GIST با استفاده از چندین استاپلر خطی به طور کامل رزکت شد، در حالی که تا حد امکان بافت سالم معده حفظ گردید. گاستروتومی متعاقباً با استفاده از چندین شلیک استاپلر خطی بسته شد و دیواره معده ترمیم گشت. این رویکرد امکان رزکسیون کامل تومور را فراهم کرد در حالی که از رزکسیون گسترده‌تر معده جلوگیری شد و آناتومی و عملکرد معده حفظ گردید.