مهم‌ترین مانع ریفلاکس، اسفنکتر تحتانى مرى است. میزان فشار اسفنکتر تحتانى مرى در حالت استراحت در بیماران مبتلا به ریفلاکس و افراد سالم شباهت زیادى دارد. حملات ریفلاکس در افراد عادى به‌دنبال انبساط موقت اسفنکتر رخ مى‌دهد. در بیماران مبتلا به ازوفاژیت، سه‌چهارم حملات ریفلاکس به‌دنبال یک انبساط موقتى اسفنکتر بروز مى‌کند. اکثر مبتلایان به ازوفاژیت، شب‌ها و به‌هنگام خواب دچار ریفلاکس مى‌شوند - وضعیتى که در افراد عادى شایع نیست. ریفلاکس شبانه به افزایش دفعات انبساط موقتى اسفنکتر بستگى دراد و با حملات دوره‌اى افزایش فعالیت معده همراه است. شانس بروز ازوفاژیت در شب بیشتر است چون مواد بازگشتى عمدتاً از اسیدوپپسین تشکیل شده، پریستالسیس مرى کاهش یافته و میزان بزاق در دسترس براى خنثى‌کردن اسید کمتر است. با تشدید التهاب دیوارهٔ مری، پریستالسیس نیز ضعیف‌تر مى‌شود و مرى بیشتر با اسید مواجهه شده، بیشتر آسیب مى‌بیند.