برداشتن جراحی GIST می تواند به صورت لاپاروسکوپی یا به عنوان روش های مرسوم باز انجام شود. تومورهای استرومایی دستگاه گوارش (GISTs) معمولاً در معده ایجاد می شوند. درمان، بسته به اندازه و علائم، در درجه اول شامل برداشتن جراحی است. ایماتینیب نئوادجوانت ممکن است برای تسهیل برداشتن کامل به خصوص در موارد چالش برانگیز در نظر گرفته شود. محل تومور بر روش جراحی تأثیر می گذارد. کاردیا، محل اتصال معده به مری و تومورهای آنترال نیاز به برداشتن آناتومیک دارند. به نظر نمی رسد که لنفادنکتومی بر نتایج تأثیر بگذارد.